北原伊织来到伊豆开启大学生活已有数月 ——他寄居在潜水店「碧蓝之海」，和可爱的表妹古手川千纱同住一个屋檐下。表姐古手川奈奈华、成熟风情十足的滨冈梓，还有同班同学吉原爱菜也常聚在此处，本该度过一帆风顺、青春美好的校园日常！…… 这只是表面光景，大学生活大半时间都在和一群裸男疯闹狂欢！原因是伊织加入的潜水社团「Peek a Boo」，潜水只是副业，这群壮汉日常一丝不挂、把酒言欢胡闹作乐。长相帅气却是重度宅的今村耕平，和伊织两个人早就彻底融入社团氛围。就在这时，奈奈华拜托伊织前去帮忙：潜水店 “海豚” 要在帕劳开设分店，人手严重不足。但伊织想起耕平之前说过，没法实时追番所以不想出国……这个夏天，首次

位于东京西部的巨大的“学园都市”，这座总人口达230万的城市中，学生比例约占八成。为了开发学生的超能力，这里实施着特殊的课程体系能力，从“无能力（Level 0）”到“超能力（Level 5）”，共分为六个等级进行评定。这是一所拥有远超世间常识的科学技术，让每个人都能获得科学能力、安全生活的梦幻般教育机构——在这份和平的表象之下，存在着名为“暗部”的组织，他们专门接手那些永远无法见光的“脏活”。